Открытие первой экспозиции под названием "Из глубины веков" в феврале 1989 года стало отправной точкой для развития Музея Археологии, который в настоящее время обладает коллекцией из более чем 90 тысяч экспонатов. Самые древние из них уходят в глубину времени на примерно девять тысяч лет.
Заведующий музеем, Александр Кудряшов, отмечает, что большая часть коллекции состоит из различных предметов быта и украшений, редких для Вологодской области. Самый старый экспонат датируется эпохой мезолита, примерно восьми-девяти тысяч лет назад. Развитие музея происходит в различных направлениях, включая интерактивные программы, предлагая посетителям не только слушать, но и активно участвовать, например, воспроизводить методы добычи огня или стрельбы из лука. В музее также проводятся различные мероприятия, включая археологические игры и праздники.
Экспозиция музея, собранная благодаря экспедициям и пожертвованиям местных жителей, раскрывает историю жизни и быта на территории современного Череповца: образ жизни, виды охоты, занятия ремеслами и многое другое.
Заммэр Наталья Стрижова отмечает важную роль музея в сохранении и передаче знаний о предках для будущих поколений. Сотрудники музея также получили признание: грамоты от зампредседателя Гордумы Сергея Макарова за их преданность делу и вклад в его развитие.
С 2019 года Музей Археологии переехал в собственное здание на Советском проспекте, что способствовало увеличению числа посетителей - в 2023 году музей посетили 11 500 человек.
